单位负责人让签三方协议，这一行为本身是合法的，但协议的具体效力和内容需要依据相关法律法规和协议的具体条款来判断。

三方协议一般是指由学校、毕业生和用人单位三方共同签订的就业协议，它具有一定的法律效力。从法律层面来看，该协议明确了毕业生、用人单位和学校之间的权利和义务关系，有助于保障毕业生的合法权益，如就业权益、档案和户口迁移等事宜。同时，用人单位也可通过该协议对毕业生的工作等方面进行约定和规范。

然而，具体的效力还需根据协议的内容以及相关法律法规来综合判断。若协议内容违反法律法规或公序良俗等，可能会导致协议部分或全部无效。例如，如果协议中约定的条款违反了劳动法、劳动合同法等相关法律法规，那么这些条款将不具有法律效力。

因此，在签订三方协议时，建议各方都要认真阅读协议内容，确保协议内容合法、合规，并明确各自的权利和义务。如果单位负责人要求你签订三方协议，你可以向单位索要协议文本，并仔细审查协议内容。如果有任何疑问或不确定的地方，可以咨询我这样的专业律师，以确保你的合法权益得到保障。