两个事业单位的下属企业合并，一般不需要职工同意。具体分析如下：

一. 企业合并的法律程序

1. 合并决议：根据《公司法》的相关规定，公司合并应当由公司股东会或者股东大会作出决议，而非由职工决定。这一规定适用于一般的企业，包括事业单位的下属企业。事业单位下属企业的合并，通常是由其上级事业单位或相关管理部门进行决策，并按照公司法的程序执行。

2. 合并程序：企业合并需要遵循一系列的法律程序，包括签订合并协议、编制资产负债表及财产清单、通知债权人、进行合并登记等。这些程序主要由企业的管理层和股东来推动和执行，职工并不直接参与决策过程。

二. 职工权益的保障

1. 知情权：虽然职工不直接参与合并决策，但企业有义务保障职工的知情权。在合并过程中，企业应向职工通报合并的相关情况，包括合并的目的、方式、对职工的影响等。

2. 劳动关系的处理：合并后，原企业的劳动关系一般由合并后的企业承继。对于因合并导致劳动合同无法继续履行的情况，企业应依法与职工协商解决，确保职工的合法权益得到保障。

综上所述，两个事业单位的下属企业合并，主要遵循的是公司法的相关规定和程序，一般不需要职工同意。但企业应充分保障职工的知情权和合法权益，确保合并过程的顺利进行。如有进一步需要，您可以继续咨询我。