员工承包经营后与公司的劳动关系并不必然违法。具体分析如下：

在员工承包经营的情况下，其与公司的劳动关系是否违法，主要取决于双方之间的实际约定以及法律法规的规定。

1. 劳动关系与承包关系的并存：

   • 员工与公司之间可以存在劳动关系，同时也可以存在承包关系。这两种关系并不互相排斥，关键在于双方的具体约定。
   • 如果员工在承包经营的同时，仍然按照劳动合同的约定为公司提供劳动，并接受公司的管理，那么劳动关系仍然有效。

2. 法律法规的约束：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的规定，用人单位与劳动者之间建立劳动关系，应当签订书面劳动合同，并明确双方的权利和义务。
   • 在承包经营中，如果双方明确约定了承包的范围、期限、报酬等，并且不违反法律法规的强制性规定，那么这种承包关系也是合法的。

3. 实际操作的注意事项：

   • 在员工承包经营的情况下，双方应当明确约定各自的权利和义务，避免产生不必要的纠纷。
   • 如果员工在承包经营过程中违反了公司的规章制度或者法律法规的规定，公司有权依据劳动合同或者相关法律法规进行处理。

综上所述，员工承包经营后与公司的劳动关系并不必然违法，关键在于双方的具体约定以及法律法规的规定。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。