总包代发劳务公司农民工工资的扣缴义务人是总包单位。以下是对此结论的详细分析：

一. 扣缴义务人的认定

• 根据《国家税务总局关于个人所得税偷税案件查处中有关问题的补充通知》(国税函发〔1996〕602号)第三条规定，扣缴义务人的认定标准为：凡税务机关认定对所得的支付对象和支付数额有决定权的单位和个人，即为扣缴义务人。

二. 总包单位的角色

• 在总包代发劳务公司农民工工资的情况下，总包单位作为向农民工支付工资的主体，对支付对象和支付数额具有决定权。因此，根据上述法律规定，总包单位应被认定为扣缴义务人。

三. 实际操作中的体现

• 在实际操作中，总包单位在支付农民工工资时，会按照税法规定代扣代缴个人所得税，并将税款上缴至税务机关。这进一步印证了总包单位作为扣缴义务人的身份。

综上所述，总包代发劳务公司农民工工资的扣缴义务人是总包单位。如有进一步需要，您可以继续咨询我。