员工不遵守公司规章制度，公司不能直接让其自行离职，而需根据具体情况采取相应措施。

首先，我们要明确的是，公司规章制度是企业管理的重要依据，但它并不是万能的。在处理员工不遵守规章制度的问题时，公司需要遵循一定的法律程序和原则。

1. 规章制度需合法有效：

   • 公司的规章制度必须内容合法、合理，且制定程序需经过民主讨论和协商，确保员工的参与度。
   • 规章制度还需向员工公示，确保员工充分知晓并理解其内容。

2. 员工违反规章制度的处理：

   • 若员工严重违反规章制度，公司有权根据《劳动合同法》的相关规定，解除劳动合同。但“严重违反”需根据公司规章制度、员工行为性质及后果等因素具体判定。
   • 在辞退员工前，公司应确保有充分的证据支持其决定，并遵循法定的解除程序。

3. 规章制度存在瑕疵时的处理：

   • 如果规章制度内容违法、制定程序不合法或未公示告知员工，那么公司依据此类规章制度辞退员工可能会构成违法解除劳动合同，需承担相应的法律责任。

因此，面对员工不遵守规章制度的情况，公司不能简单地让其自行离职。而是应首先检查规章制度的合法性和有效性，再根据员工的具体行为采取相应的处理措施。如果公司需要进一步的法律帮助或咨询，可以直接向我提问，我作为专业律师，将竭诚为您提供法律支持和建议。