店铺虚假经营主要由市场监督管理部门（工商管理部门）负责监管。具体分析如下：

一. 市场监督管理部门（工商管理部门）的职责

1. 审查经营资格与监管：市场监督管理部门作为店铺管理的核心部门，不仅负责审查店铺的经营资格，发放营业执照，还负责监管店铺的经营活动，确保其合法合规。
2. 查处虚假经营行为：店铺若存在虚假经营，如虚假宣传、销售假冒伪劣商品等不正当竞争行为，市场监督管理部门将依法进行查处，以维护市场秩序和保护消费者权益。

• 例如，若某店铺通过虚假广告吸引消费者，或销售假冒伪劣商品，市场监督管理部门将对其展开调查，并根据相关法律法规进行处罚。

二. 其他相关部门的配合

虽然市场监督管理部门是主要负责部门，但在某些情况下，税务部门、消防部门、环保部门等也可能根据各自职责对店铺的虚假经营行为进行监管和查处。但这些部门的监管通常是在其特定职责范围内，如税务部门关注偷税漏税行为，消防部门关注消防安全等。

综上所述，店铺虚假经营主要由市场监督管理部门负责监管，该部门将依法对虚假经营行为进行查处，以维护市场秩序和消费者权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。