当被告事业单位已经被注销时，其诉讼主体资格随之消亡，但相关法律纠纷仍需通过确定的诉讼主体来解决。以下是根据不同情况确定的诉讼主体及相应的法律建议：

1. 若事业单位已依法清算并注销：

   • 在这种情况下，通常由其清算组代表原事业单位参加尚未了结的诉讼。若清算程序终结且清算组已解散，则有明确的权利义务承受人（如科研项目受让机构）作为诉讼主体。
   • 法律建议：你应首先确认事业单位的清算报告和注销登记，然后联系清算组或权利义务承受人，以继续你的法律诉讼。

2. 若事业单位未经清算即注销：

   • 若事业单位未经清算即办理注销登记，导致其无法进行清算，其开办单位或主管部门可能需要对原事业单位的债务承担相应责任，并成为诉讼主体。此外，若因某个机构作出注销决定导致事业单位未经清算就被注销，该机构也可能成为诉讼主体。
   • 法律建议：你应调查事业单位的注销原因和过程，确定是否存在未经清算即注销的情况。若是，你可考虑将开办单位、主管部门或作出注销决定的机构列为被告，提起法律诉讼。

3. 若涉及新的诉讼：

   • 若事业单位注销后因其之前的行为导致他人权益受损而引发新的诉讼，受害人通常会选择将其上级主管单位、清算组织或出资人等作为被告提起诉讼，要求其承担相应的法律责任。
   • 法律建议：若你因事业单位注销前的行为而受损，并希望提起新的诉讼，你应明确损害的原因和责任主体，并据此选择合适的被告提起诉讼。

4. 特别注意事项：

   • 事业单位注销后的诉讼主体确定是一个复杂的问题，需要根据具体情况进行细致分析。在处理这类问题时，务必确保准确把握法律法规和司法实践的要求。
   • 若你在确定诉讼主体或提起法律诉讼过程中遇到任何困难或疑问，建议及时向我咨询，以确保你的合法权益得到有效维护。

综上所述，当被告事业单位已经被注销时，你应根据事业单位的清算情况和注销原因来确定相应的诉讼主体，并据此提起法律诉讼或采取其他法律措施。在整个过程中，务必确保你的行为符合法律法规和司法实践的要求。