当起诉时发现被告企业已注销，处理方式需依据其注销程序是否合法及是否存在瑕疵来确定，以下是具体分析：

1. 公司未经依法清算即办理注销登记

   • 直接追加被告：根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第六十四条，企业法人未依法清算即被注销的，可以以其股东、发起人或者出资人为当事人提起诉讼。这些主体可能要对公司债务承担清偿责任，因为他们的行为侵害了债权人的利益。例如，若股东在公司注销时未履行清算义务，导致债权人无法及时申报债权，债权人可以要求股东承担赔偿责任。
   • 证明股东过错：依据《公司法》及其司法解释，有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东，以及公司的实际控制人，在公司解散后恶意处置财产或提交虚假清算报告骗取注销登记的，应对公司债务承担赔偿责任。原告需收集证据证明上述过错行为，如股东在公司注销前转移资产、隐匿财产等。

2. 公司依法进行了清算并办理注销登记

   • 查看清算报告：公司依法清算注销时，清算报告是重要文件。若清算报告中对债权债务已合理清理和处置，则按清算结果执行。若发现清算报告有问题，如遗漏债务，债权人可采取相应法律措施。例如，债权人可以向法院申请撤销清算报告，要求重新清算。
   • 特殊情形处理：若清算组未履行通知和公告义务，导致债权人未及时申报债权而未获清偿，债权人可主张清算组成员对损失承担赔偿责任。需注意诉讼时效问题，通常应在知道或应当知道权利被侵害之日起一定期限内提起诉讼。

3. 法院处理方式与债权人应对措施

   • 法院处理方式：法院在得知被告公司注销后，可能会中止诉讼程序，待进一步查明事实后恢复或终结诉讼。若注销违法或有瑕疵，法院可能认定注销无效，诉讼继续进行。若无法确定清算主体或清算主体无法担责，法院会综合考虑后作出裁决，保障债权人权益。
   • 债权人应对措施：
     • 收集证据：尽快收集并保存与公司注销相关的所有证据，如注销证明、清算报告、股东会议记录等。
     • 报告法院：及时向法院报告被告公司注销情况，申请采取相应措施，如追加被告、中止诉讼等。
     • 追加被告：若公司未经依法清算即注销，可申请追加股东、董事等相关责任人为被告。
     • 申请强制执行：若公司注销后有剩余财产可供执行，可申请强制执行以弥补损失。但需注意，若公司已依法清算且无剩余财产，则无法申请强制执行。

4. 特殊情形下的处理

   • 公司合并或分立：若被告公司因合并或分立而注销，其权利和义务可能由新公司承继。此时，原告可将新公司列为被告继续诉讼。
   • 公司破产清算：若被告公司因破产等原因而注销，并已进行清算，原告需向清算组申报债权，并参与破产财产的分配。若清算过程存在问题，可依法追究相关责任人员的法律责任。
   • 恶意逃避债务：若被告公司注销存在逃避债务等恶意行为，原告可考虑追究相关责任人员的法律责任，如要求他们承担赔偿责任等。

法律依据：

• 《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第六十四条：企业法人解散的，依法清算并注销前，以该企业法人为当事人；未依法清算即被注销的，以该企业法人的股东、发起人或者出资人为当事人。
• 《公司法》及其司法解释：关于公司清算、股东责任、实际控制人责任等相关规定。

建议： 在处理此类问题时，债权人应保持冷静，及时与法院沟通，并根据具体情况采取相应的法律措施来维护自己的合法权益。同时，务必保留好所有证据材料，以便在诉讼过程中提供有力支持。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。