在公益诉讼中，对行政机关履职行为的合法性进行审查，主要是依据法律规定的行政执法机关的法定职责，对照行政机关的执法权力清单和责任清单，以行政机关是否全面运用或穷尽法律法规和规范性文件规定的行政监管手段制止违法行为，以及国家利益和社会公共利益是否得到有效保护为标准。以下是详细分析：

一. 审查行政机关的法定职责

• 根据行政诉讼法及相关司法解释，行政机关在生态环境和资源保护、食品药品安全、国有财产保护等领域负有监督管理职责。检察机关在履行职责中发现行政机关违法行使职权或者不作为，致使国家利益或社会公共利益受到侵害的，应督促其依法履行职责。
• 例如，若环保部门未对某污染企业进行有效监管，导致环境受到破坏，检察机关可依据环保部门的法定职责，对其履职行为的合法性进行审查。

二. 对照行政机关的执法权力清单和责任清单

• 行政机关的履职依据除法律、法规、规章外，还包括其“三定”方案、权力清单和责任清单等。检察机关在审查时，会对照这些清单，检查行政机关是否全面履行了其职责。
• 如在某案例中，行政机关若以权力清单中未明确某项职责为由拒绝履职，检察机关会审查该清单及相关法律法规，判断其是否确实存在履职义务。

三. 判断行政机关是否全面运用或穷尽行政监管手段

• 行政机关在履职过程中，应全面运用或穷尽法律法规和规范性文件规定的行政监管手段，以有效制止违法行为并保护公共利益。
• 例如，对于非法占地生产污染环境的企业，国土部门和环保部门应依据各自职责，采取制止、罚款、拆除等必要措施，确保公共利益不受侵害。

四. 审查公共利益是否得到有效保护

• 公共利益是否得到有效保护，是检验行政机关是否依法履职的核心标准。即使行政机关履行了部分监管职责，但若公共利益仍持续受到侵害，则其履职行为仍可能被认定为不合法。
• 如在某公司非法占地生产污染环境案件中，若经环保部门监管后，公司仍未停止污染行为，且土地未得到恢复原状，则检察机关可认定环保部门未依法履职。

综上所述，公益诉讼中对行政机关履职行为的合法性进行审查，是一个综合考量多方面因素的过程。检察机关需依据法律规定、行政机关的执法权力清单和责任清单、行政机关是否全面运用或穷尽行政监管手段以及公共利益是否得到有效保护等标准，进行全面、客观的审查。如有进一步需要，您可以继续咨询我。