关于合同无效后，合同的结算条款如何确定的问题，这确实是一个在实际操作中经常遇到的复杂问题。以下是对这一问题的详细解答：
首先，要明确的是，合同无效并不意味着合同中的所有条款都完全失去效力。在某些情况下，尽管合同整体无效，但其中的某些条款，特别是结算和清理条款，可能仍然具有独立性，并因此被认为有效或具备参照效力。
对于建设工程施工合同这类特殊合同，由于工程已经展开，往往无法简单地“恢复原状”或“财产返还”。因此，在实践中，即使合同无效，双方当事人仍然需要就已完成的工程量进行结算。这时，双方达成的结算协议或工程结算书等文件，就显得尤为重要。
根据最高院的案例和相关司法解释，我们可以得出以下结论：
结算条款的独立性：合同无效不影响结算和清理条款的效力。这些条款被视为独立于原合同之外的约定，只要它们本身不违反法律法规，就可以认为是有效的。
实际履行合同的参照：如果双方签订了多份合同，且这些合同均因违反法律、行政法规的强制性规定而无效，那么应以双方实际履行的合同作为结算的依据。这意味着，法院在处理此类纠纷时，会考虑双方实际执行的是哪份合同，并据此进行结算。
竣工验收与工程款支付：无论合同是否有效，只要乙方施工的工程经竣工验收合格，乙方就有权要求支付应得的工程款。工程款数额的认定和支付时间可能无法完全按照原合同执行，但法院会参照双方当事人的实际履行情况和相关证据进行裁定。
为了避免相关风险，在合同可能无效的情况下，乙方应尽量与甲方达成明确的结算协议。这份协议应详细列明已完成工程量的结算金额、后续的款项支付方式以及逾期付款的违约责任等内容。如果无法达成结算协议，乙方则应在施工过程中注意保留双方往来的各类文件，以便为后续的工程款主张提供足够的证据支持。
综上所述，合同无效后结算条款的确定是一个复杂而细致的问题。它涉及到合同的独立性、实际履行情况以及法律法规的适用等多个方面。因此，在处理此类问题时，建议咨询专业的法律人士以获取更具体、更准确的法律意见。