当珠宝店员工盗窃了3万多元的财物时，这是一个严重的法律问题，需要按照我国的法律程序来处理。以下是我为您提供的详细解答：

一、法律性质与责任

1. 涉嫌犯罪：员工盗窃3万多元的行为已涉嫌盗窃罪。根据我国刑法，盗窃公私财物，数额较大的，会处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金。而3万元在法律上通常被视为“数额较大”的范畴。

2. 法律责任：因此，该员工需要承担相应的法律责任，包括但不限于刑事处罚和罚金。

二、处理流程

1. 报警：发现员工盗窃后，珠宝店应第一时间报警。公安机关会立案侦查，并收集各类相关证据，如监控视频、财物丢失记录、嫌疑人作案留下的痕迹（如指纹）等。

2. 证据收集与保管：珠宝店应妥善保管好与案件有关的证据，并积极配合公安机关的调查工作。这些证据对于后续的刑事诉讼和追回损失至关重要。

3. 刑事诉讼：公安机关侦查完毕后，会将案件移送检察机关审查起诉。如果检察机关认为证据确实、充分，会向法院提起公诉。在刑事诉讼过程中，珠宝店可以通过刑事附带民事诉讼的方式，要求员工返还被盗的财物。

4. 量刑与退赃：如果员工在事情发生后积极退赃退赔，并在法院量刑时表现出悔罪态度，法院可能会从轻处罚。但具体的量刑结果会由法院根据案件的具体情况和法律规定来作出。

三、建议与注意事项

1. 加强内部管理：珠宝店应加强内部管理，完善财务制度和监管机制，防止类似事件再次发生。

2. 及时处理：一旦发现员工盗窃行为，应立即采取措施处理，避免损失扩大。

3. 法律咨询：在处理过程中，珠宝店可以寻求专业法律人士的帮助和咨询，以确保自己的权益得到充分保护。

综上所述，珠宝店员工盗窃3万多元的行为已涉嫌犯罪，需要按照我国的法律程序来处理。珠宝店应积极配合公安机关的调查工作，并妥善保管好相关证据。同时，加强内部管理和及时采取措施处理也是预防类似事件再次发生的关键。