店经理串通员工盗取店里三千元属于违法行为，应依法追究其刑事责任和民事赔偿责任。具体处理方式如下：

1. 刑事责任追究：

   • 根据《中华人民共和国刑法》第二百六十四条的规定，盗窃公私财物，数额较大的，或者多次盗窃、入户盗窃、携带凶器盗窃、扒窃的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金。虽然三千元是否构成“数额较大”需根据当地的具体标准来确定，但店经理与员工串通盗窃，属于共同犯罪，且店经理可能作为主犯承担更重的责任。
   • 公安机关在接到报案后，会进行立案侦查，收集证据，包括监控录像、证人证言、财务记录等，以证明盗窃行为的存在和涉案金额。
   • 如果证据确凿，检察机关会提起公诉，法院将依法判决，对涉案人员处以相应的刑罚。

2. 民事赔偿责任：

   • 除了刑事责任外，店经理和员工还需承担民事赔偿责任，即赔偿店铺因盗窃行为所遭受的损失。
   • 店铺可以通过民事诉讼的方式，要求涉案人员返还被盗的财物或赔偿相应的经济损失。
   • 在民事诉讼中，店铺需要提供证据证明盗窃行为的存在、涉案金额以及损失的具体情况。

3. 内部处理与预防措施：

   • 店铺在发现盗窃行为后，应立即进行内部调查，确认涉案人员，并收集相关证据。
   • 同时，店铺应加强内部管理，完善财务制度和监控措施，防止类似事件再次发生。例如，可以增加监控设备、加强员工培训、建立严格的财务审批流程等。
   • 对于涉案人员，店铺可以根据内部规章制度进行相应的处理，如解雇、罚款等，并保留追究其法律责任的权利。

建议行动步骤：

• 立即报警，配合公安机关的调查工作。
• 收集并保存相关证据，如监控录像、财务记录等。
• 咨询专业律师，了解具体的法律程序和维权策略。
• 加强内部管理，完善预防措施，防止类似事件再次发生。