当公司发现员工侵占公司资产时，可以采取以下步骤来处理：
一、初步确认与内部调查
首先，公司需要对涉嫌侵占的行为进行初步确认，并进行内部调查。这一步骤包括：
- 收集证据：公司应尽可能收集与涉嫌侵占行为相关的证据，如财务记录、交易凭证、监控录像等。
- 与涉事员工谈话：在尊重法律的前提下，与涉嫌员工进行沟通，了解其解释和说明。
- 内部处理：如果证据确凿，公司可根据内部规章制度对员工进行初步处理，如停职检查等。
二、法律途径选择
根据内部调查的结果，公司可以选择合适的法律途径来进一步处理：
- 解除劳动合同：如果员工侵占公司资产的行为属实，且情节严重，公司可以依据劳动合同法的相关规定，解除与员工的劳动合同。
- 提起民事赔偿诉讼：公司可以向人民法院提起民事诉讼，要求员工赔偿因其侵占行为给公司造成的经济损失。
- 进行刑事控告：如果员工侵占公司资产的行为涉嫌犯罪，公司可以向公安机关提起刑事控告，要求追究员工的刑事责任。
三、刑事控告的具体流程
如果公司决定进行刑事控告，需要遵循以下具体流程：
- 准备证据材料：公司需要准备充分的证据材料来证明员工的侵占行为，包括但不限于主体方面的证据（如营业执照、劳动合同等）、客观方面的证据（如财务账目、书面文档等）。
- 确定管辖机关：根据刑事案件管辖的相关规定，确定由何地、何级公安机关管辖。一般原则上以犯罪嫌疑人工作单位所在地的公安机关管辖为宜。
- 提交控告材料：将准备好的控告材料和证据提交给公安机关，并按照规定填写相关表格和提交必要文件。
- 配合公安机关调查：在公安机关调查过程中，公司需要积极配合，提供必要的协助和说明。
四、后续处理与防范
- 跟进处理结果：公司需要跟进公安机关的处理结果，并根据实际情况采取相应的后续措施。
- 加强内部管理：为了防止类似事件再次发生，公司需要加强内部管理，完善工作流程和监督制约机制。
- 营造廉洁文化：通过培训、宣传等方式，营造廉洁的企业文化，提高员工的法律意识和职业道德水平。
总之，处理员工侵占公司资产的问题需要公司采取综合措施，包括内部调查、法律途径选择、刑事控告的具体流程以及后续处理与防范等。公司应依法依规处理，确保自身权益得到维护，同时加强内部管理，防范类似事件再次发生。