老板扣农民工百分之十三的税是否合法，取决于具体情况。下面我将从几个方面进行详细分析：

1. 税收法定原则：

   • 根据我国税收法定原则，任何税收的征收都必须有明确的法律依据。如果老板扣除的“税”没有法律依据，那么这种行为是不合法的。

2. 个人所得税的征收：

   • 农民工的工资收入属于个人所得税的征税范围，但具体的税率和征税方式应由税法规定。
   • 目前，个人所得税的征收是根据个人的收入情况，按照税法规定的税率和速算扣除数进行计算的，而不是简单地按百分比扣除。

3. 可能存在的误解或误操作：

   • 老板可能误解了税收政策，以为需要按百分比扣除税款。
   • 或者，老板可能将其他费用（如社保、公积金等）与税款混淆，导致误扣。

4. 建议与行动：

   • 农民工应该向老板索要详细的税款扣除明细，了解具体扣除的是哪些税种和费用。
   • 如果发现老板扣除的税款没有法律依据或计算错误，可以与老板沟通协商，要求纠正。
   • 如果沟通无果，农民工可以向当地税务部门咨询或举报，以维护自己的合法权益。

综上所述，老板扣农民工百分之十三的税是否合法，需要具体了解扣除的税种、依据以及计算方式。如果发现有不合法的情况，农民工应该及时采取措施维护自己的权益。如果你在这方面有具体的疑问或需要进一步的帮助，可以直接向我咨询。