结论前置：三楼商铺的排污管安装在二楼的天花板顶上，这一行为是否合法，需根据具体情况分析，主要涉及到建筑物的设计、施工规范以及相邻关系等法律规定。

详细分析：

1. 建筑设计规范：

   • 根据相关建筑设计规范和标准，建筑物的排污管道设计应合理，确保不影响其他业主的正常使用和生活。如果三楼商铺的排污管设计或安装不符合建筑设计规范，如未采取有效隔音、防震措施，导致二楼业主生活受到干扰，那么这种安装行为可能不合法。

2. 相邻关系法律规定：

   • 根据《民法典》中关于相邻关系的规定，不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。如果三楼商铺的排污管安装在二楼天花板顶上，给二楼业主造成了妨碍或损失，如噪音、漏水等问题，那么二楼业主有权要求三楼商铺停止侵害、排除妨碍、赔偿损失。

3. 具体情况判断：

   • 如果三楼商铺的排污管安装是经过专业设计、符合建筑规范，并且未对二楼业主造成实际妨碍或损失，那么这种安装行为可能是合法的。
   • 但如果安装行为违反了建筑设计规范，或者对二楼业主造成了实际妨碍或损失，那么二楼业主可以通过法律途径维护自己的合法权益。

法律建议：

• 如果你作为二楼业主，认为三楼商铺的排污管安装行为对你造成了妨碍或损失，你可以首先尝试与三楼商铺业主进行协商，要求其停止侵害、排除妨碍、赔偿损失。
• 如果协商无果，你可以向物业管理部门或相关行政部门投诉，要求其介入处理。
• 必要时，你还可以向法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。

总之，三楼商铺的排污管安装在二楼的天花板顶上是否合法，需根据具体情况判断。如果你对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。