结论：刚买的商铺发现二楼下水管通过，是否合法需视具体情况而定，但通常情况下，未经商铺业主同意，二楼业主擅自将下水管通过一楼商铺的行为可能构成侵权，不合法。
一、法律分析
业主专有部分权利：
- 根据《中华人民共和国民法典》第二百七十二条：“业主对其建筑物专有部分享有占有、使用、收益和处分的权利；业主行使权利不得危及建筑物的安全，不得损害其他业主的合法权益。”
- 这意味着，商铺业主对其专有部分（包括商铺内部空间）享有完整的权利，未经其同意，他人不得擅自占用或改变其结构。
侵权行为的认定：
- 如果二楼业主未经一楼商铺业主同意，擅自将下水管通过一楼商铺，这很可能构成对一楼商铺业主专有部分空间的侵占，损害了一楼商铺业主的合法权益。
- 此外，如果下水管安装不当，还可能对一楼商铺的结构安全造成威胁，进一步构成侵权。
物业公司的责任：
- 物业公司作为小区的管理者，有义务维护小区的秩序和安全，包括保护业主的专有部分不受侵犯。
- 如果物业公司未经业主同意，擅自将商铺钥匙提供给二楼业主用于安装下水管，且在二楼业主明显存在不合理施工的情形下未尽到装修管理义务，物业公司也可能承担相应的赔偿责任。
二、实际案例参考
- 参考常德市鼎城区人民法院审理的一起类似案件，二楼商铺业主未经一楼商铺业主允许，擅自将下水管道铺设在一楼商铺的天花板处，法院最终判决二楼业主拆除下水管道，并做好修复及防水工作，同时二楼业主和物业公司对一楼业主的损失分别承担了赔偿责任。
三、建议与措施
与二楼业主协商：
- 首先，您可以尝试与二楼业主进行友好协商，说明其行为的违法性和对您商铺的影响，要求其停止侵权行为并拆除下水管。
向物业公司投诉：
- 如果协商无果，您可以向物业公司投诉，要求物业公司履行管理职责，制止二楼业主的侵权行为，并协助您恢复商铺的原状。
寻求法律救济：
- 如果物业公司也未能解决问题，您可以考虑通过法律途径维护自己的权益，如向法院提起诉讼，要求二楼业主和物业公司承担相应的法律责任。
后续思考：在处理此类纠纷时，建议您保留好相关证据，如照片、视频、沟通记录等，以便在需要时证明自己的权益。同时，如果您对法律程序不熟悉，可以向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。