二层住户自行另铺排污管道是否合法需分情况讨论，具体如下：

1. 若该行为获得相关审批且不侵害他人权益，则合法
   根据《民法典》第288条，不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。若二层住户因原排污管道设计缺陷（如堵塞、反味等严重影响生活），在向物业、业委会或城建部门申请并获得许可后，另行铺设排污管道，且新管道的铺设符合建筑规范（如不破坏主体结构、不占用公共区域、不影响楼下住户排水等），则属于合法改造。
   关键点：需保留审批文件、施工图纸等证据，避免后续纠纷。

2. 若未获审批或侵害他人权益，则可能违法
   若住户未经物业、业委会或相关部门同意，擅自改动排污管道，可能涉及以下违法情形：

• 违反物业管理规定：根据《物业管理条例》第45条，业主、物业使用人需遵守管理规约，不得擅自改变房屋及共用设施用途。若物业明确禁止私改管道，住户行为可能构成违约，需承担恢复原状、赔偿损失等责任。
  
• 侵害相邻权：若新管道铺设导致楼下住户排水受阻、墙体渗漏或公共区域损坏，根据《民法典》第296条，受侵害方有权要求停止侵害、排除妨碍并赔偿损失。
  
• 违反建筑规范：若改动涉及承重墙、公共管井等，可能违反《建设工程质量管理条例》第15条，需承担行政处罚（如罚款、责令整改）。
  

建议：若需改动排污管道，应先向物业提交书面申请，说明改动原因、方案及安全措施；若物业不同意，可联合其他业主通过业主大会表决，或向城建部门申请行政许可。改动过程中需留存施工记录、照片等证据，避免纠纷。

如有具体场景或纠纷，可进一步向我咨询细节。