二楼废弃原来排水管道改独立室外排水是否合法，主要取决于改造行为是否符合相关法律法规及建筑规范的要求，以及是否获得了相关部门的批准。以下是对此问题的详细分析：

1. 合法情况：

   • 符合规定且获得批准：如果二楼业主在改造前向相关部门（如物业、住建部门等）提出了申请，并获得了明确的批准或许可，且改造过程中严格遵守了建筑规范和安全标准，那么这种改造是合法的。
   • 特殊情况下的必要改造：在某些特殊情况下，如原排水系统存在严重问题，且无法通过正常维修解决时，二楼业主可能需要进行独立排水改造。但即便如此，也必须先与相关部门和其他住户进行沟通协商，确保改造方案得到认可和支持。

2. 违法情况：

   • 未经批准擅自改造：如果二楼业主未经过相关部门的批准或许可，就擅自进行独立排水改造，这种行为是违法的。它可能违反《中华人民共和国民法典》中关于相邻关系的规定，以及物业管理条例等相关法律法规。
   • 改造行为对其他住户造成影响：如果改造行为导致楼下或其他住户的排水不畅、房屋受损等问题，那么这种行为不仅违法，还可能构成侵权。业主在行使自己的权利时，不得危及建筑物的安全，也不得损害其他业主的合法权益。
   • 破坏房屋结构或影响整体美观：如果改造过程中破坏了房屋的主体结构或承重结构，或者影响了整栋楼的外观和美观性，那么这种行为也是违法的。

3. 法律后果与建议：

   • 法律后果：对于未经批准擅自改造的行为，相关部门有权责令其恢复原状，并可能处以罚款等行政处罚。如果改造行为对其他住户造成了损失，二楼业主还需要承担相应的赔偿责任。
   • 建议：在进行任何改造之前，务必先向相关部门咨询并了解相关规定和要求。确保改造方案符合建筑规范和安全标准，并与其他住户进行充分沟通协商。如需进行改造，应尽量选择专业的施工队伍，并确保施工过程中不会对房屋结构和其他住户造成影响。

综上所述，二楼废弃原来排水管道改独立室外排水是否合法，需根据具体情况而定。建议在进行改造前，务必咨询相关部门并获取批准，以确保改造行为的合法性。