在实际工作中发放加班工资是合法合规的，但前提是必须按照相关法律法规的规定来执行。

结论前置：发放加班工资需遵守《劳动法》等相关法律法规，确保加班工资的计算标准和支付方式合法合规。

法律解释：

根据《劳动法》及其实施条例，劳动者加班应当获得合理的加班补偿。具体来说，加班工资的支付标准如下：

1. 工作日加班：用人单位应支付不低于劳动者本人小时工资标准的150%作为加班费。
2. 休息日加班且不能安排补休：用人单位应支付不低于劳动者本人日或小时工资标准的200%作为加班费。
3. 法定节假日加班：用人单位应支付不低于劳动者本人日或小时工资标准的300%作为加班费。

这些规定旨在保障劳动者在加班时能够获得与其劳动强度相匹配的报酬，是用人单位必须遵守的法律义务。

实际情况分析：

在实际工作中，用人单位在发放加班工资时，应确保计算基数、计算方式和支付时间的合法合规。具体来说，应注意以下几点：

1. 计算基数：加班工资的计算基数应为劳动者应得的工资，包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴、补贴等货币性收入。用人单位与劳动者有约定的，从其约定，但约定的正常工作时间工资不得低于当地最低工资标准。
2. 计算方式：用人单位应严格按照上述提到的加班工资支付标准来计算加班费，并确保计算过程透明、公正。
3. 支付时间：加班工资应随着当月工资一起发放，或者按照用人单位与劳动者约定的时间支付，但不得拖延或拒付。

特殊情况说明：

对于某些特殊工种或行业，如经劳动保障行政部门批准实行不定时工作制的劳动者，在法定休假节日工作的，用人单位需按照不低于劳动者本人日或小时工资标准的300%支付工资。但在其他时间加班，由于不定时工作制的特点，通常没有额外的加班工资。这种情况下，加班工资的发放需遵循特殊规定。

法律建议：

如果劳动者认为用人单位支付的加班工资不符合法律规定，首先可以尝试与用人单位进行协商。协商不成的，劳动者有权向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。同时，也建议劳动者在签订劳动合同时，仔细查看关于加班和加班费的相关条款，确保自己的权益得到充分保障。

综上所述，在实际工作中发放加班工资是合法合规的，但用人单位必须严格遵守相关法律法规的规定，确保加班工资的计算标准和支付方式合法合规。