在工程挂靠纠纷中，关于被挂靠人帮挂靠人垫付款项是否要等结算才能收回的问题，这主要取决于双方之间的合同约定以及实际履行情况。

首先，要明确的是，挂靠行为本身在法律上是不被鼓励的，甚至可能被视为违法行为，因为它扰乱了正常的建筑市场秩序。然而，在实际操作中，由于各种原因，挂靠现象仍然存在。

对于被挂靠人帮挂靠人垫付款项的情况，如果双方在合同中对此有明确约定，比如约定了垫付款项的回收方式、时间等，那么应当按照合同约定执行。如果合同中没有明确约定，或者约定不明确，那么就需要根据双方的实际履行情况以及相关法律法规来判断。

一般来说，如果挂靠人同意并认可被挂靠人的垫付款项，并且双方就垫付款项的回收达成了共识，那么被挂靠人可以在工程结算时或者按照双方约定的时间收回垫付款项。但是，如果挂靠人不认可垫付款项，或者双方就垫付款项的回收存在争议，那么就需要通过法律途径来解决。

此外，还需要注意的是，由于挂靠行为本身存在的法律风险，被挂靠人在帮挂靠人垫付款项时应当谨慎行事，确保自己的合法权益不受损害。建议被挂靠人在垫付款项前与挂靠人签订书面协议，明确双方的权利和义务，以避免后续出现纠纷。

综上所述，被挂靠人帮挂靠人垫付款项是否要等结算才能收回，取决于双方之间的合同约定以及实际履行情况。在处理此类纠纷时，建议双方首先通过友好协商解决；如果协商不成，可以寻求法律途径来维护自己的合法权益。