对于再审中“以房抵债”无效，而原告和被告之间存在部分真实借款的情况，法院会依据查明的事实，对真实借款部分依法进行处理。以下是对此问题的详细分析：

一. “以房抵债”无效的处理

1. 法律依据：根据相关法律规定，如“以房抵债”协议存在违法、欺诈、胁迫等无效情形，法院会认定该协议无效。一旦协议被认定为无效，那么基于该协议所进行的所有权益变动都将失去法律效力。

2. 实际处理：在再审过程中，如果法院确认“以房抵债”协议无效，那么原、被告双方基于该协议所取得的财产或权益应当恢复原状，即房屋归原所有权人所有，而债务仍然存在。

二. 真实借款的处理

1. 查明事实：在“以房抵债”协议被认定为无效后，法院会进一步查明原、被告之间真实的借款关系。这包括借款的金额、借款时间、借款方式、是否约定利息以及还款情况等。

2. 依法处理：

   • 借款本金：对于查明的真实借款本金部分，法院会判决被告按照约定的借款金额偿还原告。
   • 借款利息：如果双方约定了利息，并且利息符合法律规定（即不超过法定利率上限），法院也会判决被告支付相应的利息。
   • 还款情况：如果被告已经偿还了部分借款或利息，法院会在判决中予以扣除。

3. 执行程序：如果被告未按照判决来履行还款义务，原告可以申请法院强制执行，包括查封、扣押、拍卖被告的财产等，以保障自己的合法权益。

三. 综合建议

• 证据保留：对于原告而言，应当妥善保留所有与借款相关的证据，如借条、转账记录、聊天记录等，以便在诉讼中证明借款事实。
• 积极应诉：对于被告而言，如果面临再审，应当积极应诉，提供证据证明“以房抵债”协议的无效性以及自己已经偿还的借款部分。
• 和解协商：在诉讼过程中，双方也可以考虑进行和解协商，以达成一个双方都能接受的还款方案。

我建议，在再审过程中，双方应当积极配合法院查明事实，对于真实借款部分，依法进行偿还或追讨。如有进一步需要，您可以继续咨询我。