建设单位不能不通过总包直接发农民工工资。以下是对这一结论的详细解释：

1. 法律法规依据：

   • 根据《保障农民工工资支付条例》等相关法律法规，工程建设领域推行分包单位农民工工资委托施工总承包单位代发制度。这意味着，农民工工资的支付应当通过总包单位进行，以确保工资的及时、足额支付。
   • 总包单位在工程建设中承担着监督分包单位劳动用工和工资发放情况的责任，并需对分包单位拖欠的农民工工资先行清偿。

2. 操作流程与要求：

   • 建设方需按照合同约定，将足够的资金打入总包单位的农民工工资专用账户，以确保农民工工资按时到账。
   • 总包单位与分包单位签订委托工资支付协议后，负责整理农民工工资支付清单，并送至银行进行发放。银行根据清单直接从总包单位的专用账户将工资打入农民工的银行账户。

3. 法律后果与风险：

   • 如果建设单位绕过总包单位直接发放农民工工资，可能会违反相关法律法规，面临法律责任和声誉风险。
   • 总包单位未能履行保障农民工工资支付的责任，也可能受到法律的制裁和声誉的损害。

综上所述，建设单位应当通过总包单位来发放农民工工资，以确保工资的合法、合规支付，并维护各方的合法权益。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。