针对您提出的“三方约定付款，开票不一致是否合规”的问题，这确实是一个涉及民法、税法以及特定行业规定（如建筑行业）的复杂问题。以下是对这一问题的详细解答：

一、民法层面的合规性

在民法层面，根据《民法典》的相关规定，只要各方当事人对债务履行方式达成协商一致，无论是债务人向第三人履行债务（即代收款行为），还是第三人向债权人履行债务（即代付款行为），都是合法的，不会存在法律风险。这体现了民法对意思自治的尊重。

二、税法层面的合规性

在税法层面，情况则更为复杂。一般来说，即便款项是由第三方收取，发票开具主体仍应为实际经营业务一方。如果由第三方开具发票，则存在虚开发票的风险。根据《发票管理办法》及其实施细则，任何单位和个人不得开具与实际经营业务情况不符的发票。因此，如果第三方只是代收款而并未实际经营业务，直接由第三方开票将构成虚开发票的风险。

然而，在某些特定情况下，如建筑领域，存在例外。根据国家税务总局的相关公告，建筑企业与发包方签订建筑合同后，可以通过内部授权或三方协议等方式，授权集团内其他纳税人（即第三方）为发包方提供建筑服务，并由第三方直接与发包方结算工程款和开具增值税发票。

三、一般原则与特殊规定

1. 一般原则：销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项时，应由收款方（即实际经营业务一方）向付款方开具发票。如果付款方和实际购买方不一致，发票应开具给实际接受服务的一方。

2. 特殊规定：在某些特定行业或情况下，如建筑行业或因行业资金监管制度规定导致的付款方与受票方不一致的情况，税务部门可能会根据业务真实性等原则进行特殊处理。例如，在确保业务真实的前提下，即使付款方与受票方不一致，也可能允许进行税费抵扣，但需出具相关证明资料。

四、建议与注意事项

1. 在进行三方约定付款时，应明确各方当事人的权利义务关系，并确保合同内容符合相关法律法规的规定。
2. 如果涉及代收款或代付款行为，应确保相关行为符合税法规定，避免构成虚开发票等违法行为。
3. 在处理特定行业或特殊情况下的付款和开票问题时，应咨询当地税务征管部门或专业税务顾问的意见，以确保合规性。

综上所述，三方约定付款并开票不一致的合规性取决于具体情况和相关法律法规的规定。在实际操作中，应谨慎处理相关事务，并咨询专业人士的意见以确保合规性。