如设计图出来后工程款已支付但发生变更，应首先通过协商寻求解决方案，若协商不成，可根据合同约定追究违约责任或申请仲裁、提起诉讼。具体分析如下：

一. 分析工程款支付后设计图变更的法律性质

1. 合同变更：根据《民法典》第五百四十三条，当事人协商一致，可以变更合同。因此，若设计图变更经双方协商一致，应视为合同内容的变更。
2. 违约责任：如设计图变更非因双方协商一致，而是由于一方违约导致，则另一方有权根据《民法典》第五百七十七条要求违约方承担违约责任。

二. 处理工程款支付后设计图变更的步骤

1. 协商：首先，双方应就设计图变更进行协商，尝试达成一致意见。这包括变更的内容、费用调整、工期影响等。
2. 依据合同处理：
   • 如合同中有关于设计图变更的条款，应按照条款执行。
   • 如合同未明确约定，但双方能协商一致，可签订补充协议。
3. 追究违约责任：如协商不成，且设计图变更系一方违约导致，另一方可根据合同约定追究违约方的责任，包括要求赔偿损失等。
4. 申请仲裁或提起诉讼：若无法通过协商或追究违约责任解决争议，可根据合同约定或法律规定申请仲裁或提起诉讼。

三. 实际案例理解

• 例如，甲公司与乙公司签订了一份工程设计合同，约定由乙公司为甲公司设计一栋楼房。设计图完成后，甲公司支付了工程款。然而，在施工过程中，甲公司要求对设计图进行重大变更。此时，双方应首先进行协商，就变更内容、费用及工期等达成一致。如协商不成，乙公司可根据合同约定追究甲公司的违约责任，或申请仲裁、提起诉讼以维护自身权益。

我建议，在处理此类问题时，应首先查看合同条款，明确双方的权利和义务。同时，保持与对方的沟通，尝试通过协商解决问题。如协商不成，可根据合同约定或法律规定采取进一步措施。如有进一步需要，您可以继续咨询我。