当图纸在甲方确认后发生变更时，处理流程主要依据变更的性质和重要性来决定。以下是一个清晰、详细且具有深度的解答：

一、变更分类与处理原则

首先，我们需要明确变更的分类。一般来说，图纸变更可以分为重大变更和一般性变更。

1. 重大变更：这类变更通常涉及到工程结构安全、使用功能、消防安全等关键方面的调整，或者对工程造价、工期有显著影响。对于重大变更，必须严格按照相关法规和流程进行审查和批准。

2. 一般性变更：这类变更主要涉及图纸中的非关键细节、标注错误或局部调整等，对工程整体影响较小。一般性变更的处理流程相对简化，但仍需确保变更的合理性和合规性。

二、重大变更的处理流程

对于重大变更，应遵循以下处理流程：

1. 填写变更记录单：

   • 勘察设计单位应填写《勘察设计重大变更记录单》，详细注明变更原因、变更依据和变更内容。
   • 该记录单需经项目负责人、相关专业负责人签字，并由建设单位、勘察设计单位签章确认。

2. 提交审查机构审查：

   • 建设单位应在施工图修改完成后的5日内，将修改后的施工图及《勘察设计重大变更记录单》通过施工图数字化审查系统（如“广州市工程图纸全过程管理系统”）送原审查机构进行审查。
   • 如果变更涉及调整政府有关部门的批准文件及附件内容，还应一并提供有关部门同意调整的意见。

3. 审查机构重新审查：

   • 审查机构将按照相关规定对涉及重大设计变更的施工图重新进行审查。
   • 审查情况将记入原审查合格书、审查报告书中，并出具变更审查意见告知书。

三、一般性变更的处理流程

对于一般性变更，处理流程相对简化：

1. 设计单位内部调整：

   • 设计单位可以直接在图纸上进行修改，并确保修改后的图纸符合相关规范和标准。

2. 上传至图纸管理系统存档：

   • 设计单位应将修改后的图纸上传至图纸全过程管理系统进行存档，以便后续查阅和管理。

四、注意事项

1. 及时沟通：在变更发生时，建设单位、勘察设计单位和施工单位应及时沟通，确保变更信息准确无误地传达给所有相关方。

2. 合规性审查：无论变更性质如何，都应确保变更内容符合相关法规、规范和标准的要求，避免因变更而引发新的质量问题或安全隐患。

3. 记录与存档：所有变更都应详细记录并存档，以便后续查阅和追溯。这有助于确保工程资料的完整性和可追溯性。

综上所述，图纸在甲方确认后发生变更时，应根据变更的性质和重要性选择相应的处理流程。对于重大变更，必须严格按照法规和流程进行审查和批准；对于一般性变更，则可简化处理流程但仍需确保合规性和记录存档。