如果您在工作中发生工伤，但单位只申报了意外险，您可以按照以下步骤处理：
一、明确工伤保险与意外险的区别
- 工伤保险：是法定的强制性社会保险，由用人单位缴纳。它的目的是保障职工因工作遭受事故伤害或患职业病时，能够获得医疗救治和经济补偿。工伤保险的赔付范围广泛，包括医疗费用、停工留薪期工资、伤残津贴等。
- 意外险：是一种商业保险，可以由用人单位或职工自行购买。它主要赔付因意外事故导致的医疗费用、伤残或身故等，但赔付范围和标准可能因保险合同而异，且通常有一定的限额。
二、及时要求公司更正申报
您应告知公司，其申报意外险是错误的，应按照工伤保险流程处理您的工伤。工伤保险能够提供更全面、更具针对性的保障。
三、自行申请工伤认定
如果公司拒绝更正申报，您可以在事故伤害发生之日或被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向用人单位所在地统筹地区的社会保险行政部门提出工伤认定申请。遇有特殊情况，经报社会保险行政部门同意，申请时限可以适当延长。
如果用人单位未按规定提出工伤认定申请，您或者您的近亲属、工会组织可以在工伤事故发生之日起1年内，直接向社会保险行政部门提出工伤认定申请。
在申请工伤认定时，您需要提交以下材料：
- 工伤认定申请表；
- 与用人单位存在劳动关系（包括事实劳动关系）的证明材料；
- 医疗诊断证明或者职业病诊断证明书（或者职业病诊断鉴定书）。
四、依据工伤认定结果享受相应待遇
如果您的工伤被认定，您可以依法享受相应的工伤保险待遇，包括：
- 医疗费用：治疗工伤所需的费用符合工伤保险诊疗项目目录、工伤保险药品目录、工伤保险住院服务标准的，从工伤保险基金支付。
- 停工留薪期工资：在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。
- 伤残津贴：经劳动能力鉴定委员会确认需要生活护理的，从工伤保险基金按月支付生活护理费；被鉴定为伤残的，根据伤残等级享受一次性伤残补助金、伤残津贴等待遇。
五、通过法律途径维权
如果公司拒绝承担工伤保险责任，或者您对工伤认定结果有异议，您可以通过以下途径维权：
- 向劳动监察部门投诉：反映公司未依法为您申请工伤保险的情况，劳动监察部门会进行调查和处理。
- 申请劳动仲裁：如果与公司协商无果，您可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司按照工伤保险待遇标准支付工伤赔偿费用。
- 提起诉讼：对仲裁裁决不服的，您可以依法向人民法院提起诉讼。
六、保留相关证据
在整个过程中，您应保留好所有与工伤相关的证据，如医疗记录、工伤认定决定书、工资单等，以便在维权过程中使用。
综上所述，即使单位只申报了意外险，您仍然有权享受工伤保险待遇。您应及时采取措施，维护自己的合法权益。