在离婚纠纷中，如果一方持有真实的离婚协议但对方不承认，法院在判决时会综合考虑多个因素。以下是对这一问题的详细解答：
结论前置
法院在判决离婚案件时，关键在于审查夫妻感情是否确已破裂，而非单纯看一方是否承认离婚事实。若存在法定离婚情形，如重婚、家暴等，且调解无效，法院会准予离婚。
详细解答
审查法定离婚条件：
- 法院会首先审查双方是否符合法定离婚条件，这些条件包括但不限于重婚或与他人同居、实施家庭暴力或虐待遗弃家庭成员、有赌博吸毒等恶习屡教不改、因感情不和分居满二年等。
- 如果存在上述情形之一，且调解无效，法院会准予离婚。
综合审查证据：
- 法院会综合审查双方提交的证据，包括结婚证、分居证据、证人证言、出轨证据等。
- 这些证据用于证明夫妻感情的实际状况，以及是否存在导致感情破裂的法定情形。
夫妻感情是否确已破裂：
- 法院判决离婚的核心标准是夫妻感情是否确已破裂。
- 即使一方不承认离婚事实，但如果法院根据证据认定夫妻感情已经破裂，且调解无效，仍然会准予离婚。
不存在法定情形时的处理：
- 如果不存在上述法定离婚情形，且被告不同意离婚，法院一般会认定夫妻感情尚未破裂，判决不准离婚。
- 在这种情况下，原告若无新情况、新理由，在六个月内不得再次起诉离婚。
综上所述，即使一方不承认离婚协议，法院也会根据双方提交的证据和夫妻感情的实际状况来判决是否准予离婚。因此，在离婚纠纷中，重要的是收集并提交充分的证据来证明夫妻感情已经破裂或存在法定离婚情形。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。