合同约定“因违法转包分包不再结算工程款”的条款，在特定情况下可能被视为无效。下面我将从法律角度为您详细解析：
非法转包的法律后果：
- 根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第四条，承包人非法转包的行为是无效的。这意味着，如果合同中存在非法转包的情况，那么整个转包行为将不受法律保护。
工程款结算的原则：
- 即便施工合同因非法转包而无效，但如果建设工程经竣工验收合格，承包人仍有权请求参照合同约定支付工程价款。这是基于《建设工程施工合同解释》第二条的规定，即建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。
合同条款的效力：
- 合同中约定的“因违法转包分包不再结算工程款”条款，其本质是对非法转包行为的一种惩罚性约定。然而，由于非法转包行为本身已违反法律强制性规定而无效，因此该惩罚性条款也可能因违反法律原则而被视为无效。特别是在工程已经竣工验收合格的情况下，发包人不能仅凭此条款拒绝支付工程款。
实际施工人的权益保护：
- 对于实际施工人而言，他们往往处于弱势地位。如果因非法转包导致合同无效，且发包人以此为由拒绝支付工程款，实际施工人的权益将受到严重损害。因此，法律在保护建筑市场秩序的同时，也会充分考虑实际施工人的合法权益。
综上所述，合同约定“因违法转包分包不再结算工程款”的条款，在特定情况下（如工程已竣工验收合格）可能被视为无效。如果在实际操作中遇到此类问题，建议及时咨询专业律师，以维护自己的合法权益。