关于合同约定的工程变更事项、方法及程序，我可以为您提供以下详细解答：
一、明确结论
工程合同的变更必须严格遵循合同约定的程序，并确保所有变更均有书面记录且经双方签字确认，以保障双方的权益。
二、详细分析
变更的提出：
- 发包人提出：发包人基于项目需求调整、功能改变等原因，以书面形式（如工程变更通知单）向承包人提出变更要求。
- 承包人提出：承包人在施工过程中发现设计问题或施工条件变化时，应向监理工程师或发包人提交书面变更申请。
- 设计单位提出：设计单位因设计错误、规范更新等原因需变更设计时，应先出具设计变更文件，并通过建设单位转交承包人。
变更的申请报告：
- 无论哪方提出变更，都应提交详细的变更申请报告，包括变更原因、目的、预期影响及相关图纸、工程量和造价信息。
变更的审查与评估：
- 初步审查：监理工程师对变更申请进行初步审查。
- 技术评估：组织专业技术人员深入评估变更的技术可行性。
- 经济评估：造价工程师估算变更费用，分析变更对工程总造价的影响。
- 进度评估：评估变更对工程进度的影响，制定相应的进度调整措施。
变更的批准：
- 内部审批：小额或影响较小的变更可能由监理单位或建设单位相关负责人直接批准；重大变更则需经过建设单位高层决策会议审批。
- 合同约定审批：如合同中有特别约定变更审批程序，应严格按照合同约定执行。
- 建设单位审批：建设单位根据审批权限对变更申请进行申报或批复。
变更的通知与实施：
- 下发通知：监理公司在收到建设单位审批意见后，及时下发工程变更通知令。
- 执行准备：承包人根据变更要求调配资源，调整施工方案。
- 执行变更：承包人按照变更通知和调整后的施工方案实施变更。
- 异议处理：如承包人对变更持有异议，应在规定时间内向监理公司提交争议问题，并协商解决。
变更的记录与存档：
- 各方在变更实施过程中应做好详细记录，并将变更相关的所有文件整理归档。
三、特别说明
- 根据相关规定，变更指示只能由监理人发出，确保变更程序的合法性和规范性。
- 工程变更应遵循节约工程成本、保证工程质量与进度的原则，同时还要兼顾各方利益确保变更有效。
- 工程变更须依次进行，不能细化分解为多次、多项小额的变更计划。
四、法律建议
- 在变更过程中，双方应保持密切沟通，确保信息畅通，避免因沟通不畅导致的误解和纠纷。
- 如遇纠纷，应首先尝试通过协商解决；协商不成时，可考虑邀请第三方调解或依据合同约定的仲裁条款提起仲裁；若仲裁仍无法解决，可向有管辖权的人民法院提起诉讼。
希望以上解答能够对您有所帮助。如有任何进一步的法律问题或需要更详细的解释，请随时向我咨询。