建设工程合同变更程序在法律上有明确规定，必须遵循一套严谨且系统的流程，以确保变更的合法性、合理性和有效性。以下是从多个角度对施工变更程序法律规定的详细阐述：
一、变更的提出与申请
发包人提出变更：发包人可以基于项目需求调整、功能改变等原因，以书面形式（如工程变更通知单）向承包人提出变更要求。这一要求应明确变更内容、范围、目的及期望实施时间，以便承包人能够准确理解并作出响应。
承包人提出变更：承包人在施工过程中，若发现设计问题或施工条件变化，影响施工进度或质量时，应向监理工程师或发包人提交书面变更申请。申请中应详细说明变更理由及其对工程进度和费用的影响，以便发包人能够全面评估变更的必要性和可行性。
设计单位提出变更：设计单位因设计错误、规范更新等原因需变更设计时，应先出具设计变更文件，并通过建设单位转交承包人。这一流程确保了设计变更的规范性和合法性，避免了因设计问题导致的施工纠纷。
二、变更的审查与评估
初步审查：监理工程师在收到变更申请后，应进行初步审查，判断变更的必要性、合理性及对工程质量、安全的影响。这一步骤是变更程序中的关键环节，有助于筛选出真正需要变更的项目，避免不必要的变更和浪费。
技术评估：组织专业技术人员对变更的技术可行性进行深入评估，包括对工程结构、施工工艺、技术标准的影响分析。这一评估确保了变更后的工程能够满足设计要求和使用功能，避免了因技术问题导致的工程质量事故。
经济评估：造价工程师估算变更费用，分析变更对工程总造价的影响。这一评估考虑了工程量、材料价格、人工成本等因素，为发包人提供了决策依据，有助于控制工程成本。
进度评估：评估变更对工程进度的影响，并制定相应的进度调整措施。这一步骤确保了变更不会对工程整体进度造成过大影响，保证了工程的按时完成。
监理公司审核：监理公司对变更的必要性、可行性、造价合理性及工期影响进行全面审核，并签署审核意见。这一审核为发包人提供了专业意见，有助于发包人作出明智的决策。
设计单位审核：设计单位对变更图纸进行审核，确保变更后的设计满足规范要求。这一审核保证了变更设计的合法性和规范性，避免了因设计问题导致的施工纠纷。
三、变更的批准
内部审批：对于小额或影响较小的变更，可能由监理单位或建设单位相关负责人直接批准。这一流程简化了审批程序，提高了变更效率。
合同约定审批：如合同中有特别约定变更审批程序，应严格按照合同约定执行。这一约定可能涉及特定部门或相关方的审核同意，确保了变更程序的合法性和合规性。
建设单位审批：建设单位根据审批权限对变更申请进行申报或批复，明确变更是否执行，并向监理公司出具工程变更审批意见。这一审批是变更程序中的最终环节，决定了变更是否能够实施。
四、变更的通知与实施
下发工程变更通知令：监理公司在收到建设单位审批意见后，及时下发工程变更通知令。通知令中应明确变更的详细内容、技术要求、质量标准、工程量、预算造价及工期影响等信息，以便承包人能够准确理解并执行变更。
执行准备：承包人收到变更通知后，根据变更要求调配资源，调整施工方案，并做好施工前准备工作。这一步骤确保了变更的顺利实施，避免了因准备不足导致的施工延误或质量问题。
执行变更：承包人按照变更通知和调整后的施工方案实施变更，严格遵守施工规范和质量标准。这一步骤是变更程序中的核心环节，直接关系到变更后的工程质量和使用功能。
异议处理：如承包人对变更持有异议，应在规定时间内向监理公司提交争议问题，并协商解决。这一步骤为承包人提供了表达意见和诉求的渠道，有助于维护承包人的合法权益。
五、变更的记录与存档
过程记录：各方在变更实施过程中应做好详细记录，包括变更指令发布时间、执行情况、关键节点、问题及解决方法等。这些记录为后续的查询、审计及结算和索赔提供了依据。
文件存档：将变更相关的所有文件（如变更申请、审查评估报告、批准文件、变更通知、施工记录等）整理归档。这些文件是变更程序的重要证据，有助于维护各方的合法权益。
特别说明：根据九部委《标准施工招标文件》中通用合同条款的规定，变更指示只能由监理人发出。监理人在建设工程合同变更过程中扮演着重要角色，负责协调、审核和发出变更指示，确保变更程序的合法性和规范性。
建议：在处理施工变更程序时，各方应密切合作，共同确保变更的顺利进行和工程的顺利实施。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。