确实存在使用其他公司益生菌菌株侵权的案例。以下是一个具体的案例分析：

案例概述

在上海市知识产权局处理的一起专利侵权纠纷案件中，生命大地女神有限公司（以下简称“生命公司”）作为请求人，指控美深国际贸易（宁波）有限公司（以下简称“美深公司”）未经许可销售涉及其发明专利“具有增强耐酸性的乳酸菌的方法和应用”（专利号: ZL200780015449.3）的产品，即“童年故事罗伊氏乳杆菌益生菌饮液”。

侵权事实认定

1. 专利有效性：生命公司拥有的专利合法有效，且仍在保护期内。
2. 侵权产品：美深公司销售的“童年故事罗伊氏乳杆菌益生菌饮液”被认定落入了生命公司专利权利要求的保护范围。
3. 销售行为：美深公司未经生命公司许可，擅自销售涉案专利产品，构成了侵权行为。

争议焦点与解析

1. 举证责任：美深公司认为生命公司未针对自己的主张进行举证，但上海市知识产权局认为，美深公司提供的分析证明已自认侵权事实，无须生命公司进一步举证。
2. 编号指代问题：美深公司辩称其美国供货商声称DSM17938为生产批次编号，但上海市知识产权局认为，DSM17938是德国保藏中心对特定生物样本的标准编号，属于公知常识，且涉案专利产品标签的标注方式亦可确定DSM17938为产品内含物。

处理结果

上海市知识产权局依据《中华人民共和国专利法》的相关规定，作出行政裁决，责令美深公司立即停止侵权行为，即立即停止销售侵犯涉案专利权的“童年故事罗伊氏乳杆菌益生菌饮液”产品。

法律建议

1. 加强专利保护意识：益生菌菌株作为生物技术的重要成果，具有极高的商业价值，企业应加强对自身专利的保护，防止被侵权。
2. 完善侵权防范机制：企业应建立完善的侵权防范机制，包括但不限于专利监控、市场监测、法律维权等，以确保自身权益不受侵害。
3. 尊重他人专利权：在研发、生产、销售过程中，企业应尊重他人的专利权，避免未经许可使用他人专利，以免引发侵权纠纷。

综上所述，使用其他公司的益生菌菌株存在侵权风险，企业应加强专利保护意识，完善侵权防范机制，并尊重他人的专利权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。