遇到非法占用集体土地的情况，主要是由县级以上人民政府自然资源主管部门来管理。以下是对这一问题的详细解答：

1. 管理部门及职责：

   • 自然资源主管部门：负责全面监督土地使用情况，对未经批准或骗取批准非法占用土地的行为进行查处。根据《土地管理法》的相关规定，该部门具有责令退还土地、限期拆除违法建筑、没收地上建筑物以及处以罚款等行政处罚权力。
   • 农业农村部门：虽然主要负责农村宅基地的管理，但在处理非法占用村集体土地问题时，也会协助自然资源主管部门进行相关工作。
   • 乡（镇）政府或街道办事处：作为基层管理单位，也会积极参与土地违法案件的查处与处理，特别是在部分省份已将部分县级部门的行政处罚权下放至乡镇和街道的情况下。

2. 行动措施：

   • 自然资源主管部门会组织专业巡查队伍定期开展土地巡查，及时发现并制止违法占地行为。
   • 建立严格的土地审批制度，确保每一块土地的使用都经过合法审批。
   • 完善土地违法举报机制，鼓励公众积极参与监督，形成全社会共治的良好氛围。

3. 法律后果：

   • 对于非法占用集体土地的行为，自然资源主管部门将依法进行查处，责令退还土地，限期拆除违法建筑，并可能处以罚款。
   • 如果非法占用行为涉及违法犯罪，还可能面临刑事责任的追究。

综上所述，非法占用集体土地主要由县级以上人民政府自然资源主管部门来管理，并会协同农业农村部门、乡（镇）政府或街道办事处等相关部门进行查处。如果您遇到此类问题，建议及时向当地自然资源主管部门举报，以维护土地的合法使用和集体利益。