关于用人单位因劳动者缺勤扣除绩效工资是否合法的问题，需根据具体情况进行综合判断。以下是对此问题的详细分析：
结论前置：
用人单位因劳动者缺勤扣除绩效工资是否合法，主要取决于劳动合同、公司规章制度的规定以及缺勤的性质。若劳动合同或规章制度中有明确规定，且缺勤属于不合理缺勤，则扣除绩效工资可能合法；若缺乏明确规定或扣除方式不合理，则可能违法。
详细分析：
劳动合同与公司制度的规定：
- 劳动合同和公司规章制度是判断扣除绩效工资是否合法的重要依据。若劳动合同中明确约定了“缺勤扣除绩效工资”的条款，或公司规章制度中规定了相关内容，并且这些规定已经过民主程序制定并向员工公示，则用人单位有权按照约定或规定扣除绩效工资。
缺勤的性质区分：
- 合理缺勤（如病假、法定年假等）：通常不应扣减绩效工资。因为这些缺勤是由于不可抗力或法律规定导致的，员工无法正常工作，但其绩效应基于实际工作成果进行评估。
- 不合理缺勤（如无故旷工、未经批准的事假等）：可视为违反纪律，用人单位有权根据劳动合同或规章制度扣减绩效甚至解除合同。但需注意，扣除方式应合法且合理，不得违反相关法律法规。
绩效考核标准的考量：
- 若绩效考核标准中包含了出勤率或工作态度等指标，则缺勤可能会影响绩效评分。但若考核指标仅关注结果（如销售额等），则缺勤本身不直接影响绩效得分。
法律合规性的要求：
- 用人单位在扣除绩效工资时，必须遵守《劳动法》、《劳动合同法》等相关法律法规。例如，病假期间工资不得低于当地最低工资标准的80%，用人单位不得以此为由全额扣减绩效。
操作建议：
- 对于用人单位而言，应完善规章制度设计，明确缺勤与绩效的关联规则，并通过民主程序公示。同时，应分类处理缺勤情况，对合理缺勤保留绩效，对违纪缺勤依规处理。
- 对于劳动者而言，应了解自身权益和法律规定。若认为用人单位扣除绩效工资的行为不合法，可与用人单位进行沟通协商或向当地劳动行政部门投诉举报。必要时，可依法向劳动争议仲裁机关申请仲裁或向人民法院提起诉讼。
综上所述，用人单位因劳动者缺勤扣除绩效工资是否合法需根据具体情况判断。劳动者在面对此类问题时，应充分了解自身权益和法律规定，并依法采取适当措施维护自身合法权益。