在与公司签订合作协议书后，如果工作中不幸发生了死亡事故，处理起来确实会比较复杂，涉及多个法律层面。以下是我为您详细梳理的处理步骤和建议：

1. 立即报告并启动应急预案：

   • 首先，应立即向相关部门（如安全监管部门、公安机关等）报告事故，并按照公司应急预案进行处置。
   • 同时，通知合作双方的高层管理人员，以及可能涉及的保险公司。

2. 明确法律责任：

   • 需要根据事故的具体原因，来明确各方的法律责任。这可能包括雇主责任、工伤赔偿、第三方责任等。
   • 如果合作协议中有关于安全责任、事故处理的特别约定，应首先遵循这些约定。

3. 进行事故调查：

   • 配合相关部门进行事故调查，查明事故原因，确定责任主体。
   • 也可以自行委托专业机构进行事故原因分析，为后续处理提供依据。

4. 协商赔偿事宜：

   • 根据事故责任认定，与合作方、受害者家属等协商赔偿事宜。
   • 赔偿可能包括死亡赔偿金、丧葬费、抚恤金、精神损害赔偿等多个方面。

5. 处理法律纠纷：

   • 如果协商不成，可能会面临法律诉讼。此时，应积极准备应诉材料，委托专业律师进行辩护。
   • 在诉讼过程中，要注意保护公司的合法权益，同时也要尊重受害者家属的合法权益。

6. 总结与改进：

   • 事故处理完毕后，应对事故原因进行深入分析，总结经验教训。
   • 根据事故调查结果，对合作协议、公司安全管理制度等进行修订和完善，防止类似事故再次发生。

在处理此类事故时，建议您保持冷静、理性，遵循法律程序，尊重各方权益。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。