针对您提出的问题“企业以不在公司打卡为由罚款是否违法”，以下是对此问题的详细解答：
一、核心结论
企业因员工不打卡而罚款的行为，在未经合法程序制定相关规章制度，或罚款金额不合理、未明确告知员工的情况下，通常是违法的。但若企业规章制度经过合法程序制定，明确规定了不打卡的惩戒措施，并且该措施合理、合法，则可能不被认定为违法。
二、法律分析
行政处罚权：
- 根据《中华人民共和国行政处罚法》，罚款是行政机关的行政处罚措施。企业作为非行政机关，不具备直接的行政处罚权。因此，若企业未经合法程序直接对员工进行罚款，将构成违法行为。
工资支付规定：
- 《工资支付暂行规定》明确指出，用人单位不得无故克扣劳动者工资。若企业以罚款形式扣除员工工资，且该行为未经过合法程序或本身不合理，将视为克扣工资，属于违法行为。
规章制度的合法性：
- 若企业的规章制度经过合法程序制定（如经职工代表大会讨论、与工会协商确定等），并向员工公示或明确告知，其中规定了不打卡的合理惩戒措施（如扣除对应工时的工资、警告、记过等），则按照该制度执行可能不被认定为违法。
具体情况判断：
- 在判断企业罚款行为是否违法时，需综合考虑规章制度或劳动合同中是否有明确说明、罚款金额是否合理、是否违反了相关法律法规等因素。
三、员工应对策略
与公司沟通：
- 在发现企业存在违法罚款行为时，员工应首先尝试与公司进行沟通，了解罚款的具体原因和依据，并表达自己的异议和诉求。
向劳动监察部门投诉：
- 若与公司沟通无果，员工可向当地劳动监察部门投诉，提供劳动合同、工资条、考勤记录等相关证据，以维护自己的合法权益。
申请劳动仲裁：
- 若劳动监察部门未能有效解决问题，员工可向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过法律途径维护自己的权益。
向法院提起诉讼：
- 若对劳动仲裁结果不满意，员工可在规定时间内向人民法院提起诉讼，进一步维护自己的合法权益。
综上所述，企业因员工不打卡而罚款的行为是否违法，需根据具体情况及法律法规进行综合判断。员工在面对此类情况时，应了解相关法律法规，积极与公司沟通，并通过合法途径维护自己的权益。