关于未经允许擅自驾驶他人机动车发生交通事故后保险是否赔偿的问题，这确实是一个涉及法律责任和保险理赔的复杂问题。以下是对此问题的详细解答：
一、保险赔偿的一般原则
交强险的赔偿：
- 如果肇事车辆投保了交强险，在交强险责任范围内，保险公司通常会对受害者进行赔偿，无论驾驶人是否是车辆的所有者或是否经过允许驾驶。但需要注意的是，如果驾驶人存在未取得驾驶资格、醉酒驾驶等违法情形，保险公司可能仅在交强险责任限额内垫付抢救费用，并有权向致害人追偿。
商业三者险的赔偿：
- 商业三者险的赔偿则更加依赖于保险合同的具体条款。一般来说，如果保险合同中明确规定了未经允许驾驶他人车辆发生事故属于免赔事由，那么保险公司将不会对此进行赔偿。因此，具体赔偿情况需要参考保险合同的详细条款。
二、驾驶人及车主的责任
驾驶人的责任：
- 未经允许驾驶他人机动车发生交通事故造成损害，且属于该机动车一方责任的，由机动车使用人（即未经允许的驾驶人）承担赔偿责任。这是因为驾驶人未经允许擅自使用他人车辆，对事故的发生具有直接过错。
车主的责任：
- 如果机动车所有人或管理人存在过错，如明知驾驶人无驾驶资格仍出借车辆、车辆保管不善导致被他人轻易取得并驾驶、或者明知车辆存在缺陷而仍然出借等，也需承担相应的赔偿责任。在这种情况下，车主可能需要与驾驶人承担连带赔偿责任。
三、特殊情况下的责任划分
- 对于盗窃、抢劫或抢夺的机动车发生交通事故造成损害的，由盗窃人、抢劫人或抢夺人承担赔偿责任。若这些人与机动车使用人不是同一人，且事故属于该机动车一方责任的，两者可能需承担连带责任。同时，保险公司在机动车强制保险责任限额范围内垫付抢救费用的，有权向交通事故责任人追偿。
四、总结与建议
未经允许驾驶他人机动车是一种严重的违法行为，不仅可能导致交通事故的发生，还可能涉及复杂的法律责任和赔偿问题。因此，建议车主加强车辆管理，确保车辆安全；同时，公众也应严格遵守交通法规，尊重他人的财产权和生命安全。在发生交通事故时，应及时报警并配合相关部门处理，以便依法确定责任并妥善处理赔偿事宜。此外，在购买保险时，应仔细阅读保险合同条款，了解保险责任和免赔事由，以便在需要时能够正确行使自己的权利。