小区车库改作馒头坊不合法。以下是对此结论的详细解释：

首先，从房屋使用性质的角度来看，小区车库的设计初衷和规划用途是为了停放车辆，而非用于商业经营。将车库改作馒头坊，改变了其原有的使用性质，这通常违反了小区规划及房屋使用规定。

其次，从法律层面分析，根据《物权法》及相关法律法规，业主对建筑物内的住宅、经营性用房等专有部分享有所有权，对专有部分以外的共有部分享有共有和共同管理的权利。车库作为小区的一部分，其使用应受到小区业主共同意志的约束。若未经其他业主同意或未按照法定程序进行表决，擅自将车库改作馒头坊，可能侵犯了其他业主的合法权益。

此外，将车库改作馒头坊还可能涉及消防安全、环境卫生等多方面的问题。车库通常不具备商业经营所需的消防设施和卫生条件，这可能对小区居民的生命财产安全构成威胁。

综上所述，小区车库改作馒头坊不合法，违反了小区规划、房屋使用规定以及相关法律法规。若你发现此类情况，建议及时向小区物业或相关部门反映，以维护小区的正常秩序和居民的合法权益。