小区车库改变用途是否合法，需分情况讨论，但总体而言，未经法定程序批准擅自改变用途通常是不合法的。以下从不同角度为您详细分析：
一、违反规划用途与行政许可要求
规划法规定：根据《中华人民共和国城乡规划法》，建设工程应严格按照规划许可的用途使用。小区车库作为配套设施，在规划设计时已有明确的使用性质，通常为停放车辆。若未经规划部门批准擅自改变为其他用途（如住宅、商铺等），即违反了规划法律规定，属于违法改变建筑物使用功能。
行政许可必要性：改变建筑物使用功能必须向相关部门申请并获得行政许可。无论是人防工程还是普通车库，如需改作其他用途，均需按照法定程序申请变更规划用途，并办理后续的建设、消防、环保等手续。未获许可的改造行为是违法的，可能面临责令改正、罚款等处罚。
二、违反物业管理规定
根据《物业管理条例》，物业管理区域内的公共建筑和共用设施不得擅自改变用途。业主或物业服务企业如需改变这些设施的用途，需依法办理相关手续，并告知或提请业主大会讨论决定。因此，将车库改为其他用途（如住宅、商铺等）也可能违反物业管理规定，物业公司有权制止此类行为，并要求恢复原状。
三、安全隐患问题
消防安全：车库的消防设计是针对停车功能而定的，如防火分区、消防设施等。改为其他用途后，使用性质发生变化，原有的消防设施可能无法满足新的消防安全需求，存在火灾隐患。例如，将车库改为住宅后，居住人员增加，生活用火用电也随之增多，若消防设施未相应升级，将严重威胁居住人员的生命安全。
结构安全：车库的建筑结构设计考虑了停车荷载等因素。改为其他用途后，可能的改造活动（如分隔空间、增加固定设施）可能对原有结构造成损害，降低建筑物的安全性。例如，将车库改为仓库后，若堆放重物超过设计荷载，可能导致结构损坏甚至坍塌。
四、影响其他业主权益
车库改变用途还可能对其他业主的权益产生不利影响。例如，将车库改为住宅可能导致小区停车位紧张，影响其他业主的停车需求；将车库改为商铺可能带来噪音、人员流动等问题，对周边业主的生活环境和居住质量产生不利影响。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，业主不得违反法律、法规以及管理规约，将住宅或类似性质的不动产（如车库）改变为经营性用房。若确需改变，除遵守相关法律法规外，还需经有利害关系的业主一致同意。
五、特殊情况下的合法性判断
在某些特殊情况下，如果车库改变用途能够满足一系列严格条件并按法定程序操作，如获得规划部门的批准、通过相关安全和功能验收等，那么这种改变用途的行为可能是合法的。然而，这种情况相对较少见，且需要投入大量的时间和精力去办理相关手续和满足各项要求。
总结与建议：
小区车库改变用途涉及多部法律法规和多个利益主体，必须谨慎对待。如果您有改变车库用途的需求，建议首先咨询当地规划和建设部门，了解具体的法律法规和政策要求；其次，按照法定程序进行申请和办理相关手续；最后，确保改造活动符合消防安全、结构安全等标准要求，并尽量减少对其他业主权益的影响。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。