工期违约金在支付时已经扣除，结算时通常不会再次扣除。以下是具体的分析：
法律解释
在合同履行过程中，如果双方约定了工期违约金，并且该违约金在某一支付阶段（如进度款支付）时已经被扣除，那么在最终结算时，通常不会再次扣除该违约金。因为违约金的扣除是对违约行为的一种惩罚或补偿，一旦扣除，即视为双方已经就该违约行为进行了处理。
实际情况分析
合同明确约定：如果合同中明确规定了工期违约金的扣除时机和方式，并且指出在支付时扣除后不再重复扣除，那么结算时自然不会再扣。
合同未明确规定：即使合同中没有明确规定结算时是否再次扣除违约金，但从法律公平和合理性的角度出发，已经扣除的违约金不应再次扣除。否则，将构成对同一违约行为的重复惩罚，这显然是不合理的。
特殊情况：当然，也存在一些特殊情况。比如，如果双方在后续协商中达成了新的协议，或者合同中存在其他相关条款（如因违约导致的额外损失赔偿等），这些可能会影响最终结算的结果。但这种情况并不改变一般原则，即已经扣除的违约金在结算时不会再次扣除。
结论
综上所述，工期违约金在支付时已经扣除的情况下，结算时通常不会再次扣除。如果双方在合同履行过程中存在任何争议或疑问，建议及时沟通并协商解决。如果有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。