结论概述：在合同履行过程中，如果付款逾期但最终款项已付清，违约金是否需要支付取决于合同中的具体约定以及逾期付款是否给对方造成了实际损失。以下从不同角度进行详细分析：

1. 合同约定优先：

   • 有明确约定：如果合同中明确规定了逾期付款的违约金条款，且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，那么即使最终款项已付清，违约方仍需按照合同约定支付违约金。这是因为合同是双方意思自治的体现，一旦签订，双方都应严格遵守。
   • 无明确约定：如果合同中没有明确规定逾期付款的违约金条款，或者规定不明确，那么违约方是否需要支付违约金就存在争议。此时，通常需要根据逾期付款是否给对方造成了实际损失，以及损失的大小来确定是否需要支付违约金及支付多少。

2. 实际损失考量：

   • 有实际损失：如果逾期付款给对方造成了实际损失，如资金占用成本、利息损失等，那么即使合同中没有明确规定违约金条款，违约方也可能需要承担赔偿责任。这种赔偿责任可能以违约金的形式体现，也可能以赔偿损失的形式体现，具体取决于双方的协商和法院的判决。
   • 无实际损失：如果逾期付款并未给对方造成实际损失，或者损失非常微小，那么即使合同中有违约金条款，违约方也可能以违约金过高为由请求法院或仲裁机构予以适当减少。

3. 法律原则与公平性：

   • 公平原则：在处理合同纠纷时，法院或仲裁机构会遵循公平原则，根据双方的过错程度、实际损失情况等因素，合理确定违约金的数额。如果违约金过高或过低，都可能被调整。
   • 诚实信用原则：双方当事人在合同履行过程中应遵循诚实信用原则，不得滥用权利损害对方利益。如果违约方在逾期付款后积极采取措施补救，且未给对方造成重大损失，那么法院或仲裁机构在裁决时可能会考虑这一因素，对违约金进行适当调整。

法律建议：

• 审查合同条款：首先，建议双方仔细审查合同中的违约金条款，明确双方的权利和义务。
• 协商解决：如果发生逾期付款的情况，双方应积极协商解决，尽量达成一致意见，避免纠纷升级。
• 寻求法律帮助：如果协商无果，或者对合同条款的理解存在争议，建议及时寻求法律帮助，通过法律途径解决纠纷。

可能后果：

• 如果违约方拒绝支付违约金，且合同中有明确约定，对方有权通过法律途径追讨违约金及可能产生的其他费用。
• 如果违约方认为违约金过高，可以向法院或仲裁机构提出申请，请求予以适当减少。但需注意，提出减少违约金的请求需要提供充分的证据证明违约金确实过高。

总之，在处理逾期付款但最终款项已付清的违约金问题时，应综合考虑合同约定、实际损失、法律原则与公平性等因素。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。