合同中逾期支付违约金设定为3%（假设这里的3指的是逾期金额的3%）是否合理，需综合多方面因素判断，不能一概而论。以下从不同角度为你详细分析：
一、法律规定与基础原则
根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。但约定的违约金应与实际损失相符，若过分高于或低于造成的损失，人民法院或仲裁机构可根据当事人的请求予以适当调整。通常，违约金超过造成损失的30%可能被认定为“过分高于”，而低于实际损失时则可予以增加。因此，若逾期支付导致的实际损失远低于逾期金额的3%，那么设定3%的违约金可能偏高；反之，若实际损失接近或超过逾期金额的3%，则设定3%的违约金可能是合理的。
二、实际损失的考量
直接损失：包括因逾期付款导致的额外费用支出，如律师费、诉讼费、差旅费等，以及因资金周转受阻而产生的违约损失。这些损失应明确计入违约金考量的范围。若逾期支付导致的直接损失接近或超过逾期金额的3%，那么设定3%的违约金是合理的。
间接损失：虽然较难量化，但应考虑因逾期付款导致的潜在商业机会丧失、生产规模无法扩大等预期可得利益的损失。在合理范围内，这些间接损失也应纳入违约金的计算。若间接损失显著，且逾期金额的3%能够合理弥补这些损失，那么设定3%的违约金也是合理的。
三、合同性质与交易背景的考量
商业合同：对于商业活动频繁、资金周转要求高的合同（如贸易合同、借贷合同），适当较高的违约金可以促使及时履行付款义务。此时，违约金可以按照逾期金额的一定比例（如日千分之一到千分之三）约定，但需结合实际损失判断是否过高。若合同属于此类性质，且逾期金额的3%在行业惯例和实际损失范围内，那么设定3%的违约金是合理的。
普通民事合同：如房屋租赁合同等，逾期付款违约金可以相对温和。一般可参考银行同期贷款利率或LPR，并在此基础上上浮一定比例（如30%-50%）来确定。若合同属于此类性质，且逾期金额的3%远高于按上述方式计算的违约金，那么设定3%的违约金可能偏高。
四、行业惯例的参考
不同行业对逾期付款违约金有不同的习惯做法。例如，在建筑工程行业，由于资金量大、周期长，可能有相对固定的违约金计算方式或比例范围。在确定违约金时，应参考所在行业的普遍标准，以确保其合理性和可接受性。若行业惯例中逾期付款违约金的比例接近或低于3%，那么设定3%的违约金可能偏高。
五、建议与总结
协商确定：合同双方在设定逾期付款违约金时，应充分协商并明确约定在合同中。通过协商，可以确保违约金既不过高也不过低，体现公平、合理的原则。
调整机制：若出现争议，双方应首先尝试通过协商解决。协商无果时，可依据合同约定或通过法律途径寻求解决方案。人民法院或仲裁机构在必要时会对违约金进行合理调整。
明确计算方式：逾期付款违约金的计算方式应在合同中明确约定，通常以未付款项为基数，按一定比例（如每日万分之几）乘以逾期天数计算。若合同未约定具体方式，可参照中国人民银行同期同类人民币贷款基准利率，并确定一个合适的比例（一般是1.3倍到1.5倍左右），同时考虑合同性质和违约程度。
综上所述，合同中逾期支付违约金设定为3%是否合理，需根据法律规定、实际损失、合同性质与交易背景以及行业惯例等多方面因素综合判断。若你有具体的合同或案例，可以进一步向我咨询，我会为你提供更详细的法律分析。