超期还款是否扣除违约金，主要取决于合同中是否有相关约定。以下从不同角度为您详细分析：

1. 合同有明确约定：

   • 如果您与债权人（如银行、贷款机构或个人）签订的合同中明确规定了超期还款需要支付违约金，那么您应当按照合同约定履行义务，即支付相应的违约金。
   • 例如，信用卡合同中通常会规定，如果持卡人未能在到期还款日之前偿还最低还款额，则需要支付一定比例的违约金。这种情况下，超期还款扣除违约金是合法且合理的。

2. 合同无明确约定：

   • 如果合同中没有明确规定超期还款需要支付违约金，那么债权人通常无权要求您支付违约金。
   • 在这种情况下，如果债权人擅自扣除了违约金，您有权要求其退还，并可以通过法律途径维护自己的合法权益。

3. 法律背景与建议：

   • 根据《民法典》的相关规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。但这里的“赔偿损失”应当是基于实际损失进行的合理赔偿，而不是无依据的违约金。
   • 如果您认为合同中的违约金条款不合理或过高，您可以与债权人协商调整。如果协商不成，您还可以通过法律途径寻求解决，比如向法院提起诉讼，要求法院对违约金进行合理性审查。

4. 可能的法律后果：

   • 如果您未按照合同约定支付超期还款的违约金，债权人可能会采取一系列措施来维护自己的权益，比如通过法律途径追讨欠款、将您的违约行为记录在信用报告中影响您的信用评分等。
   • 因此，建议您在签订合同时仔细阅读合同条款，特别是关于违约金的部分，确保自己能够理解和接受这些条款。同时，在还款过程中也要尽量遵守合同约定，避免产生不必要的违约行为。

总结来说，超期还款是否扣除违约金主要取决于合同中的约定。如果合同中有明确规定，您应当按照约定支付；如果合同中没有规定或规定不合理，您有权拒绝支付并通过法律途径维护自己的权益。如果您在合同纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。