针对您提出的问题“总公司员工的社保由分公司缴纳是否合法”，这需要根据分公司的具体情况以及相关法律法规来进行详细分析。

首先，我们要明确的是，社保的缴纳应当建立在真实且有效的劳动雇佣关系之上，也就是说，通常应当与用人单位签署并生效的劳动合同保持一致。在我国，社保代缴行为，即非基于真实劳动关系的社保缴纳，并不被完全认可为合规的操作方式。

现在，我们根据分公司的不同情况来具体讨论：

1. 分公司具备独立用人主体资格：

   • 如果分公司依法取得了营业执照或者登记证书，那么它就具备了独立的用人主体资格。在这种情况下，分公司可以与劳动者订立劳动合同，并为其缴纳社保。
   • 然而，即使分公司具备独立用人主体资格，如果员工是与总公司签订的劳动合同，而社保却由分公司缴纳，这仍然可能引发潜在纠纷。为避免这种风险，建议最好由分公司重新与劳动者签订劳动合同，使合同主体与社保缴纳主体保持一致。

2. 分公司不具备独立用人主体资格：

   • 如果分公司未依法取得营业执照或者登记证书，那么它就不具备独立的用人主体资格。在这种情况下，应当由总公司与劳动者签订劳动合同并缴纳社保。
   • 若由不具备独立用人主体资格的分公司缴纳社保，严格来说是不符合法律规定的，因为分公司不具备独立承担法律责任的能力。

综上所述，总公司员工的社保由分公司缴纳是否合法，取决于分公司的具体情况以及劳动合同与社保缴纳主体的一致性。为确保合法合规并减少潜在纠纷风险，建议企业根据分公司的实际情况规范劳动合同签订和社保缴纳主体，使二者保持一致。如果在实际操作中遇到具体问题或疑虑，建议咨询专业法律人士以获取更准确的法律意见。