当店员偷拿营业额时，您可以采取以下步骤来起诉并处理此事：

一、固定证据

首先，您需要收集并固定所有可能的证据，以证明店员偷拿了营业额。这些证据可以包括店内监控录像、财务记录、交易凭证等。确保这些证据清晰、完整，并能够直接关联到店员的偷拿行为。

二、评估金额大小

接下来，您需要评估被偷拿的营业额金额大小。这决定了您应该采取的法律措施。

1. 金额较小：

   • 如果金额未达到刑事立案标准，那么这通常被视为违反治安管理行为。
   • 您可以报警，警方会依据《治安管理处罚法》对员工进行拘留、罚款等处罚。
   • 同时，您可以要求员工返还偷拿的款项。如果员工拒绝，您可以向法院提起民事诉讼，主张返还并赔偿损失。

2. 金额较大：

   • 如果金额达到或超过职务侵占罪的立案标准，那么这构成刑事犯罪。
   • 您应立即报警，由司法机关进行处理。
   • 一旦罪名成立，员工将被追究刑事责任，并可能面临牢狱之灾。
   • 同时，您可以通过刑事附带民事诉讼或单独民事诉讼要求其退赔损失。

三、完善财务管理制度

为了避免类似情况再次发生，您应该考虑完善店内的财务管理制度。这可以包括加强财务监管、实施定期审计、限制员工接触现金等措施。

四、起诉流程与注意事项

如果您决定通过民事诉讼来要求员工退赔损失，以下是一些基本的起诉流程和注意事项：

1. 准备起诉材料：

   • 包括起诉状、证据清单、证据材料（如监控录像、财务记录等）。

2. 提交起诉：

   • 将起诉材料提交到当地的基层人民法院。

3. 等待法院受理：

   • 法院会对您的起诉进行审查，如果符合受理条件，会立案并通知您。

4. 参与诉讼过程：

   • 您可能需要出庭参与庭审，陈述事实、提供证据，并与对方进行辩论。

5. 执行判决：

   • 如果法院作出有利于您的判决，您可以申请强制执行，要求员工履行判决义务。

在起诉过程中，请务必保持冷静和理性，遵循法律程序，并尊重法院的判决结果。同时，您也可以考虑咨询专业的法律人士或律师，以获取更具体的法律建议和帮助。