员工违规作业，公司可依据其规章制度进行相应处罚，但无权进行罚款。具体分析如下：

一. 公司处罚员工的依据

1. 公司可以根据其内部规章制度，对员工违规作业的行为进行处罚，如警告、记过、降职、辞退等。这是公司管理员工的正当手段，旨在维护公司秩序和利益。
2. 但需要注意的是，公司并无罚款的权力。根据《行政处罚法》第八条，罚款是行政处罚的种类之一，只能由行使国家行政权力的行政管理机关或者法律授权行使行政权力的机构行使。因此，公司不能对员工进行罚款处罚。

二. 员工违规作业的法律后果

1. 如果员工违规作业给公司造成了经济损失，公司可以要求员工承担赔偿责任。根据《中华人民共和国劳动法》第一百零二条，劳动者违反本法规定的条件解除劳动合同或者违反劳动合同中约定的保密事项，对用人单位造成经济损失的，应当依法承担赔偿责任。
2. 如果员工违规作业的行为严重违反了公司的规章制度，或者给公司造成了重大损害，公司有权解除与员工的劳动合同。

三. 公司应如何合理处罚员工

1. 公司应制定明确的规章制度，并确保员工知晓并遵守。规章制度中应明确员工违规作业的定义、处罚措施及程序等。
2. 在处罚员工时，公司应遵循公平、公正、合理的原则，确保处罚与员工违规作业的严重程度相匹配。
3. 公司应保留处罚员工的证据，如违规作业记录、处罚决定书等，以备后续可能的争议解决。

我建议，公司在处罚员工时，应严格遵守法律法规，确保处罚的合法性和合理性。同时，公司也应加强员工培训和管理，预防员工违规作业的发生。如有进一步需要，您可以继续咨询我。