被免除的法人不配合办理变更登记，应当由新选任的法定代表人代表公司以公司证照返还纠纷为由向法院提起诉讼。具体分析如下：

一. 法定代表人的变更与诉讼主体资格

1. 公司内部决议的效力：根据案例评析，法定代表人的变更属于公司内部人事关系的变化，只要公司内部形成了有效决议，就应在公司内部产生法律效力，新选任的法定代表人可以代表公司意志。此点依据的是公司自治原则，即公司内部形成的合法决议对公司内部具有约束力。
2. 诉讼主体资格的认定：根据《中华人民共和国民事诉讼法》第五十一条第二款的规定，法人由其法定代表人进行诉讼。在公司内部意志统一，且已经通过有效股东会决议变更法定代表人的情况下，新选任的法定代表人即为公司的诉讼意志代表主体，有权代表公司提起诉讼，即便未办理工商变更登记，也不影响这一法律效力的确定。

二. 处理流程

1. 股东会决议：首先，股东要严格按照公司法和公司章程规定的程序，作出合法有效的股东会决议，内容包括但不限于罢免原法定代表人，任命新法定代表人，以及要求原法定代表人将公章、证照等移交给新法定代表人等。
2. 友好协商：在决议作出后，可尝试与原法定代表人进行友好协商，力争通过协商方式解决纠纷。
3. 提起诉讼：如果协商不成，新选任的法定代表人可以代表公司，以原法定代表人为被告，以公司证照返还纠纷为案由向法院提起诉讼。起诉状应由新法定代表人签字，并附上股东会决议作为证据。
4. 办理变更登记：通过诉讼方式要回公章和证照后，公司无需原法定代表人配合，即可持相关材料办理工商变更登记手续。

综上所述，在被免除的法人不配合办理变更登记的情况下，应当由新选任的法定代表人代表公司提起诉讼，以维护公司的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。