在起诉公司变更法人的案件中，被告的确定需根据纠纷的实际情况来判定。以下是一些常见情况及对应的被告确定方式：
原法定代表人拒不配合办理变更登记
- 在此情况下，若公司希望变更法定代表人，但原法定代表人拒不配合办理相关变更登记手续，公司可以作为原告，而原法定代表人则应作为被告。公司可以向法院提起诉讼，要求原法定代表人履行配合变更登记的义务。法院经审查认为起诉符合法定条件的，会在七日内立案，并通过审理作出合理合法的判决。
因法人变更引发的合同纠纷
- 如果法人变更引发了合同纠纷，比如原法人签订的合同，新法人不认可或拒绝履行，此时起诉对象应为新法人。因为法人变更不影响合同相对性，新法人需承继原法人相关权利义务。若合同相对方与原法人签订合同，现新法人拒绝履行，合同相对方可以起诉新法人要求其履行合同义务或承担违约责任。
法人变更程序违法导致纠纷
- 若法人变更程序违法，比如未经合法决议变更法人，给公司或他人造成损失，此时起诉对象可能是参与违法变更程序的相关责任人，如公司董事、股东等。他们的行为若违反法律法规或公司章程，给公司或他人造成损失，可能需承担法律责任。受损害方可以起诉这些责任人，要求其赔偿损失。
法人与股东、员工等之间的纠纷
- 若股东认为法人变更损害其权益，如稀释股权等，起诉对象就是做出法人变更决议的公司股东会或董事会等相关决策机构，以及新法人。股东可以起诉这些决策机构，要求撤销违法变更决议或赔偿损失。
- 若员工因法人变更面临劳动权益问题，如工作岗位、薪酬待遇变化等，起诉对象就是新法人主体。因为法人变更后，新法人需承担原法人在劳动法律关系中的相关责任。员工可以起诉新法人，要求其维护自己的劳动权益。
在处理此类案件时，还需注意以下几点：
- 确保变更程序合法合规，需按照公司章程和相关法律法规进行。变更决议等文件应真实有效，避免因程序瑕疵影响诉讼进程。
- 变更前后的法人应对诉讼相关事宜进行妥善交接，包括诉讼文件、证据等，确保诉讼的连续性和连贯性。
- 新法人需明确知晓诉讼情况，承担起诉讼主体的责任，积极参与诉讼活动。
如有更多关于公司法务或婚姻家庭领域的法律问题，欢迎直接向我咨询。