企业因质量问题不予支付的工程款，在取得法院民事调解书后，应依据调解书的内容进行账务处理。具体处理如下：

一. 根据民事调解书确认的条款进行账务处理

1. 确认应付款项与调解减免：首先，企业需核对民事调解书中确认的应支付工程款金额以及是否因质量问题有所减免。若调解书中明确指出了因质量问题而减免的款项，企业应在账务中相应减少应付账款的金额。

   • 例如，原工程款为100万元，调解书确认因质量问题减免10万元，则企业实际应支付的工程款为90万元。

2. 记录调解费用：如果调解过程中产生了相关费用（如律师费、诉讼费等），并且这些费用由企业承担，那么这些费用应作为营业外支出或管理费用进行账务处理。

3. 调整账务记录：根据调解书的结果，企业需调整与该工程款相关的账务记录，包括应收账款、应付账款、营业外支出等科目的调整。

二. 税务处理

1. 增值税处理：如果工程款涉及增值税，企业需根据调解书确认的工程款金额计算应缴纳的增值税，并进行相应的税务申报和缴纳。

2. 所得税处理：对于因质量问题而减免的工程款，企业需根据税法规定判断是否需要计入应纳税所得额。一般来说，如果减免的款项属于企业正常经营过程中的合理支出，且符合税法规定的扣除条件，那么可以在计算应纳税所得额时予以扣除。

三. 后续跟进

1. 执行调解书：企业应按照民事调解书的要求履行支付义务，确保款项按时支付至指定账户。

2. 保留相关凭证：企业需妥善保管与工程款支付相关的所有凭证，如银行转账记录、调解书复印件等，以备未来可能的审计或税务检查。

我建议企业在处理此类账务时，应严格按照民事调解书的内容进行，并确保所有账务记录的真实性和准确性。同时，企业也需关注相关的税务处理，确保符合税法规定。如有进一步需要，您可以继续咨询我。