劳务派遣公司不差额计税是不合法的。针对这个问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 劳务派遣公司的计税方式

1. 差额计税的规定：根据《财政部 国家税务总局关于进一步明确全面推开营改增试点有关劳务派遣服务、收费公路通行费抵扣等政策的通知》（财税〔2016〕47号）第一条，劳务派遣服务在计税时，可以选择差额纳税。具体而言，劳务派遣公司以取得的全部价款和价外费用，扣除代用工单位支付给劳务派遣员工的工资、福利和为其办理社会保险及住房公积金后的余额为销售额，按照简易计税方法依5%的征收率计算缴纳增值税。

二. 不差额计税的法律后果

1. 违反税收法规：如果劳务派遣公司未按照上述规定选择差额计税，而是直接以全部收入作为计税基础，那么将违反税收法规，可能面临税务部门的处罚。
2. 税收风险增加：不差额计税可能导致公司承担更高的税负，同时增加税收风险，如被税务部门稽查、补缴税款及滞纳金等。

三. 实际操作建议

1. 合规计税：我建议劳务派遣公司应严格按照税收法规进行计税，选择差额计税方式，以降低税负并规避税收风险。
2. 咨询税务部门：如果公司在计税过程中遇到疑问或不确定的情况，应及时咨询当地税务部门或专业税务机构，以确保计税的准确性和合规性。

综上所述，劳务派遣公司不差额计税是不合法的，应严格按照税收法规进行计税。如有进一步需要，您可以继续咨询我。