公司副总未经公司同意签订的所谓协议，其效力并非一概而论，而是需要根据具体情况来判断。以下是对此问题的详细分析：

1. 若存在表见代理：

   • 表见代理是指相对人有理由相信无代理权、超越代理权或代理权终止的行为人有代理权，并与之实施民事法律行为。若公司副总的行为构成了表见代理，即相对方有合理的理由相信副总具有签订该协议的代理权，那么该协议对公司有效。公司需要承担相应的法律责任。

2. 若不存在表见代理：

   • 在不存在表见代理的情况下，副总未经公司同意签订的协议通常属于效力待定合同。这意味着该协议的效力尚未确定，需要等待公司的追认。
   • 若公司后续对该协议进行追认，即明确表示同意该协议的内容，那么该协议对公司产生法律效力。
   • 若公司拒绝追认，则该协议对公司无效，由副总个人承担相应的法律责任。

3. 若协议违反法规或损害公共利益：

   • 即便公司追认了副总签订的协议，但如果该协议的内容违反了法律法规的强制性规定，或者损害了国家、社会公共利益，那么该协议仍然可能被视为无效。

综上所述，公司副总未经公司同意签订的协议是否有效，取决于多种因素，包括是否存在表见代理、公司是否追认以及协议内容是否合法等。因此，在面临此类问题时，建议公司及时咨询专业律师，以便对协议的效力进行准确判断，并采取相应的法律措施。如果你有更具体的情况或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。